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Nanopore測序(xu)技術借(jie)助單個分子通過納米孔(kong)時引(yin)起孔(kong)兩(liang)側(ce)電位差(cha)來實現信號檢(jian)測,納米孔(kong)的直徑僅(jin)允許單個核 酸聚(ju)合物通過,而(er)ATCG四種堿基以及帶有甲(jia)基化修(xiu)飾的堿基的帶電性(xing)質(zhi)不同,因此(ci)通過電信號差(cha)異特征(zheng)即可檢(jian)測出通過納米孔(kong)的堿基類型,從(cong)而(er)實現甲(jia)基化修(xiu)飾的檢(jian)測。

Nanopore三(san)代單分子納米孔(kong)測序(xu)可以同時檢(jian)測全基因組範圍單堿基的5mC和(he)6mA修(xiu)飾位點,並(bing)給出單堿基的甲(jia)基化水平!甲(jia)基化數據的序(xu)列(lie)信息還可以za)糜謚夭廡xu)分析(xi),一套數據分析(xi)5mC&6mA的甲(jia)基化的同時還能進(jin)行結(jie)構變(bian)異檢(jian)測。

服務(wu)流程

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實驗(yan)流程

實驗(yan)流程按照 Oxford Nanopore Technologies(ONT) 公司提供的標準 protocol 執(zhi)行,包括樣(yang)品質(zhi)量檢(jian)測、文庫構建、文庫質(zhi)量檢(jian)測和(he)文庫測序(xu)等流程。

信息流程

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全基因組甲(jia)基化水平圈圖
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CGI區域的甲(jia)基化狀態
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6mA區域的motif序(xu)列(lie)
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樣(yang)品間比較(jiao)分析(xi)

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樣(yang)品量少可以PCR後做甲(jia)基化檢(jian)測嗎?

不可以,必(bi)須直接上(shang)DNA,如(ru)果PCR後堿基上(shang)xi)募jia)基化修(xiu)飾會被隱藏掉(diao),無法通過電信號判斷出來。

6mA是什麼,研(yan)究它有什麼意義?

N6-甲(jia)基腺(xian)嘌呤(N6-methyladenine,6mA)是指腺(xian)嘌呤6位氮原子的甲(jia)基化修(xiu)飾。對za)謖zhen)核生物來講(jiang),關(guan)于DNA甲(jia)基化的研(yan)究主要集中xing)mC上(shang)。然而(er)隨著(zhou)測序(xu)技術的發展發現6mA在真(zhen)核生物中不但存在還起著(zhou)非(fei)常重要的作用。關(guan)于6mA甲(jia)基化在發育、疾病中所起的作用還需要大家(jia)共同探索。

Nanopore甲(jia)基化測序(xu)和(he)6mA-IP-seq的區別?

6mA-IP-seq是研(yan)究用6mA的抗體去富集發生甲(jia)基化的區域,該技術最後找到的是發生甲(jia)基化區域的Peak,而(er)非(fei)單堿基分辨率(lv)下研(yan)究每個A堿基的甲(jia)基化狀態。而(er)Nanopore測序(xu)根據電信號直接判斷堿基是否發生甲(jia)基化修(xiu)飾,進(jin)而(er)根據多條read的信息去計算(suan)每個位點的甲(jia)基化水平。甲(jia)基化水平的變(bian)化與基因表達調(diao)控(kong)密(mi)切相關(guan),單堿基分辨率(lv)研(yan)究位點的甲(jia)基化水平的變(bian)化對za)諮yan)究甲(jia)基化的功能至(zhi)關(guan)重要。

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