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重測序是對已知基因組(zu)序列的物(wu)種進行不同(tong)個體(ti)的基因組(zu)測序,並進一步(bu)對個體(ti)或群體(ti)進行差異性(xing)分(fen)析。

Nanopore測序借助單個分(fen)子(zi)通過納米(mi)孔時引起孔兩側(ce)電(dian)位(wei)差來實(shi)現zhong)藕偶觳猓 擅mi)孔的直徑(jing)僅允許單個核 酸聚合物(wu)通過,而ATCG四種堿基的帶電(dian)性(xing)質不同(tong),因此通過電(dian)信(xin)號差異特征即可檢測出(chu)通過納米(mi)孔的堿基類型(xing),從而實(shi)現測序。

技術(shu)優勢

長讀長

理論上Nanopore技術(shu)的測序平均讀長能夠達(da)到幾(ji)十到上百 Kb,最長讀長能達(da)到2 Mb以上級(ji)別;由于(yu)讀長長,有以下(xia)優勢︰

1、直接(jie)跨越結(jie)構變異斷點,利于(yu)變異(拷貝數(shu)變異CNV、插(cha)入(ru)、缺失、易位(wei)和倒位(wei))檢測;

2、直接(jie)跨越串(chuan)聯重復序列、高GC/AT序列、高度(du)多(duo)態性(xing)區(qu)域、高度(du)同(tong)源區(qu)域等特殊區(qu)域,檢測能力大大優于(yu)二(er)代測序。

低成本

相比其他三(san)代測序技術(shu),ONT測序樣本處(chu)理極其簡單,無需DNA聚合黴、連(lian)接(jie)黴和dNTPs,測序價(jia)格(ge)低;

無需PCR擴增

避免二(er)代測序中(zhong)PCR擴增可能引入(ru)的錯誤;

可直接(jie)讀取堿基修(xiu)飾信(xin)息

如DNA甲基化5mC、6mA(詳見(jian)三(san)代甲基化,此處(chu)弄個鏈接(jie)跳到三(san)代甲基化產品(pin)界面)等,無須像二(er)代測序需要經過重硫酸鹽轉化或者免疫沉澱富(fu)集實(shi)驗。

樣品(pin)要求

不同(tong)類型(xing)的樣品(pin)詳細要求歡迎來電(dian)咨(zi)詢或聯系當地銷售。

實(shi)驗流程(cheng)

實(shi)驗流程(cheng)按(an)照 Oxford Nanopore Technologies(ONT) 公司(si)提供(gong)的標準 protocol 執行,包括樣品(pin)質量(liang)檢測、文庫(ku)構建(jian)、文庫(ku)質量(liang)檢測和文庫(ku)測序等流程(cheng)。

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重測序分(fen)析流程(cheng)圖
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樣品(pin)結(jie)構變異檢測

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片(pian)篩和非片(pian)篩文庫(ku)的區(qu)別是什麼?

片(pian)篩即片(pian)段篩選,如果片(pian)篩文庫(ku)則會選擇長的DNA片(pian)段,因此需要的DNA量(liang)要多(duo);非片(pian)篩文庫(ku)即chuang)喚釁pian)段篩選的打斷文庫(ku),即將DNA打斷成固(gu)定長度(du)。

片(pian)篩文庫(ku)得到的序列相對更長,適用于(yu)基因組(zu)組(zu)裝。而非片(pian)篩文庫(ku)得到的read相對較(jiao)短(duan),適用于(yu)重測序或甲基化檢測。

重測序一hua)鬩 舛duo)少數(shu)據量(liang)?

原(yuan)則上講數(shu)據量(liang)的越多(duo),檢測到的結(jie)構變異越多(duo)越準。由于(yu)經費限制推(tui)薦至少測15X的數(shu)據量(liang),如果是腫瘤等特殊組(zu)織(zhi)建(jian)議測15X以上的數(shu)據量(liang)。具(ju)體(ti)原(yuan)因可參考(kao)下(xia)述鏈接(jie)︰

https://mp.weixin.qq.com/s/2hQfOYksbkJaONrPwYhWUw

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