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ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing),基(ji)于高通量測序的染色質轉(zhuan)座(zuo)黴可shan)詠允笛欏T諍he)小(xiao)體連(lian)接致(zhi)密的地方,轉(zhuan)座(zuo)黴不能進入,而松散的區域,轉(zhuan)座(zuo)黴能夠進入並切(qie)割下暴露的DNA區域,並同時(shi)連(lian)接上特異性的接頭,有接頭的DNA片段(duan)被分離出來,用于高通量測序。因此,ATAC-seq可以(yi)得是全基(ji)因度尺(chi)度上處于開放狀態(tai)的染色質區域,並且通過分析染色質開放區域的motif,可以(yi)獲得潛在的活躍轉(zhuan)錄因子及其(qi)靶基(ji)因。

服(fu)務流程

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實驗流程

ATAC-seq主要(yao)實驗流程首先是制備細(xi)胞懸液,然後裂解液裂解細(xi)胞獲得細(xi)胞核(he),進一步使(shi)用Tn5轉(zhuan)座(zuo)黴黴切(qie)並純化,最後回收DNA片段(duan),對回收片段(duan)進行末端修復(fu)、3’端加A、連(lian)接測序接頭,片段(duan)大小(xiao)選擇(ze)以(yi)及PCA擴增等步jie)杌竦帽曜嫉母咄 坎廡蛭wen)庫,使(shi)用Illumina測序平(ping)台進行測序。

信息流程

原始測序Reads經過去接頭和過濾低(di)質量,獲得Clean Reads。將Clean Reads與參考(kao)基(ji)因組(zu)序列進行比對,通過Reads在基(ji)因組(zu)上的比對位(wei)置信息,進行Peak calling,並進行motif預測、轉(zhuan)錄因子靶基(ji)因挖掘、差異Peak和Motif等分析。

2
開放染色質區域可視化圖(tu)
3
轉(zhuan)錄起始位(wei)點附(fu)近的開放染色質區域
4
差異開放染色質區域聚(ju)類(lei)熱圖(tu)
5
開放染色質motif
6
差異開放染色質區域功能基(ji)因富集分析

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ATAC-seq需要(yao)生物學重復(fu)嗎?

需要(yao)的,推薦3-5個重復(fu),目的是為了老師實驗結果的準確性和可重復(fu)性。

到(dao)底(di)motif是什(shi)麼?

簡單地講(jiang), Motif 就是一段(duan)特定模式的DNA序列xiao)?梢yi)理解為開放的染色質區域有著序列偏好性,而偏向的序列就是motif。

ATAC-seq和Chip-seq的區別?

Chip-seq是研究特定轉(zhuan)錄因子或者蛋(dan)白(bai)結合的區域,需要(yao)用抗體去免疫共(gong)沉(chen)澱(dian)相(xiang)應(ying)的區域。而ATAC-seq無(wu)需抗體,可shan) 凶zhuan)錄因子或者蛋(dan)白(bai)可能結合的區域用Tn5轉(zhuan)座(zuo)黴切(qie)割下來進行測序。

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