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研究高熱度-LncRNA

LncRNA參(can)與(yu)表觀(guan)遺傳調控、轉錄(lu)調控以及轉錄(lu)後調控,在生命活(huo)動中具有(you)重要作用。

通(tong)過(guo)測序分(fen)析快(kuai)速全面準(zhun)確地獲得與(yu)特定(ding)生物學過(guo)程(例(li)如(ru)發育、疾(ji)病等) 相關lncRNA和(he)mRNA 信息(xi)。

專業項目方案(an)設計 深(shen)度解析數(shu)據

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樣本要求

19

分(fen)析路線

4

個性化(hua)分(fen)析8小時(shi)雲交付,項目進(jin)展透明化(hua),盡享極致體驗!

實(shi)時(shi)追蹤項目進(jin)展,一切動向盡在掌握。

意見直接反饋項目經(jing)理,高效解決。

可對在線項目各維度的服務進(jin)行評價。

項目經(jing)驗豐富,碩果累累

公司成立八年以來,擁有(you)豐富的醫(yi)學項目分(fen)析經(jing)驗,累計完成5千多個樣品(pin)的醫(yi)學轉錄(lu)調控研究

醫(yi)學物種涉(she)及人、鼠,樣本類型包括常見組織或細胞,以及體液、毛囊等特殊樣本

公司擁有(you) 40 余項專利技(ji)術和(he) 150 余項軟件著作權,根據項目需要選擇方案(an),保障結果精準(zhun)

50+項目分(fen)析人員

深(shen)度數(shu)據挖掘

豐富的nan)金糠fen)析案(an)例(li)

優(you)化(hua)的交互式報告

8年+項目分(fen)析經(jing)驗

專業而(er)熱情的售後服務

三個分(fen)布式集群服務器

閃電般的分(fen)析速度

結果展現

lncRNA鑒定(ding)

百邁客通(tong)過(guo)4種分(fen)析軟件鑒定(ding)得到的noncding transcripts進(jin)行統計,繪制維恩(en)圖(tu)。同(tong)時(shi)對以上4種分(fen)析結果取交集,用于後續lncRNA分(fen)析。

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lncRNA靶基因(yin)功(gong)能富集

利用topGO軟件對注釋到GO數(shu)據庫的差異表達lncRNA靶基因(yin)進(jin)行富集分(fen)析,並對顯著富集的節點在GO體系(xi)中的層級關系(xi)以有(you)向無(wu)環圖(tu)的形式進(jin)行直觀(guan)展示(shi)。在有(you)向無(wu)環圖(tu)中,箭(jian)頭代表包含關系(xi),即該節點的所有(you)基因(yin)同(tong)樣注釋到其上級節點中。

lncRNA與(yu)mRNA差異表達

lncRNA與(yu)mRNA在不(bu)同(tong)比(bi)對分(fen)析組合(he)中的表達情況間接的表現了lncRNA和(he)mRNA在某(mou)一生物時(shi)間段(duan)的表達關系(xi),對差異表達lncRNA和(he)mRNA表達量進(jin)行比(bi)較(jiao)分(fen)析。

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LncRNA-mRNA共表達網絡(luo)分(fen)析

加權基因(yin)共表達網絡(luo)分(fen)析(WGCNA)是一種挖掘和(he)呈現基因(yin)在不(bu)同(tong)樣本中表達形式的有(you)效方法(fa)。在基因(yin)共表達網絡(luo)中,每一節點代表一個基因(yin),在不(bu)同(tong)樣本中存在共性的基因(yin)會(hui)處于同(tong)一個基因(yin)網絡(luo)中,而(er)基因(yin)間的共表達關系(xi)一hua)閿you)它(ta)們之間的表達相關系(xi)數(shu)來chun)飭俊/p>

lncRNA測序與(yu)轉錄(lu)組測序的區別?

轉錄(lu)組測序是只針對mRNA進(jin)行測序。由(you)于lncRNA測序在建庫之前會(hui)去(qu)除(chu)rRNA,因(yin)此剩下的RNA中除(chu)了lncRNA信息(xi),也包含有(you)mRNA信息(xi),因(yin)此,通(tong)過(guo)lncRNA測序,可以通(tong)過(guo)一次建庫獲得轉錄(lu)組和(he)lncRNA的信息(xi)。

lncRNA測序建議的數(shu)據量多少?

針對yuan)俾蹩偷南(nan)金烤jing)驗及文nan)妝 潰 雜ncRNA的基本研究,可以選擇數(shu)據量12Gb clean data,對于更高的分(fen)析內容(rong)要求,比(bi)如(ru),挖掘更多低表達lncRNA,可以相應提(ti)高數(shu)據量。

lncRNA的表達水平是怎麼計算的?

抽取自(zi)一個轉錄(lu)本的片段(duan)數(shu)目與(yu)測序數(shu)據(或Mapped Data)量、轉錄(lu)本長度、轉錄(lu)本表達水平都有(you)關,為了讓片段(duan)數(shu)目能真實(shi)地反映轉錄(lu)本表達水平,需要對樣品(pin)fen)械apped Reads的數(shu)目和(he)轉錄(lu)本長度進(jin)行歸一化(hua)。Cuffdiff采用FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped)作為衡量轉錄(lu)本或基因(yin)表達水平的指(zhi)標。

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