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宏轉錄(lu)組技(ji)術(shu)介(jie)紹

宏轉錄(lu)組學(xue)是(shi)一門(men)在整體水平上研究某一特(te)定(ding)環境chang)?te)定(ding)時期群體生物全基(ji)因組轉錄(lu)情況以及轉錄(lu)調控規律的學(xue)科。宏轉錄(lu)組測序可原位研究特(te)定(ding)生境cheng)te)定(ding)時空下微生物群落(luo)中(zhong)活躍(yue)菌種(zhong)的組成以及活性基(ji)因的表達情況,結合理(li)化因素的檢(jian)測,宏轉錄(lu)組可研究多樣(yang)本間由于理(li)化等指(zhi)標的差(cha)異,時空上不同微生物群落(luo)間活躍(yue)成分(fen)組成的差(cha)異分(fen)析(xi)。

實驗設計到信息分(fen)析(xi)一站式服務?

提供全面的宏轉錄(lu)組研究kang)姆fang)案設計和售(shou)後服務,豐富的標準分(fen)析(xi)以及個性化分(fen)析(xi)多角度闡(chan)明不同環境下微生物群落(luo)的功(gong)能和差(cha)異機(ji)制。

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分(fen)析(xi)內容

metatran-

技(ji)術(shu)策略與送樣(yang)要求

?測序策略

Illumina Hiseq PE150測序

?RNA送樣(yang)要求

RNA濃度?≧65ng/μl(Qubit),RNA質量≧6μg(Qubit),RIN≧7.0;28S/18S≧1.0。

產品(pin)優勢與項目(mu)經驗

?豐富的項目(mu)經驗與專業的信息團隊,提供全面準確(que)的信息分(fen)析(xi)。

高水平分(fen)析(xi)團隊

豐富的項目(mu)經驗

全面的分(fen)析(xi)內容

專業的售(shou)後服務

成功(gong)案例(li)

物種(zhong)注釋(shi)

使用 diamond軟件將質控後的高質量測序數據比(bi)對到 nr數據庫(ku),得到樣(yang)品(pin)的物種(zhong)組成和相對豐度信息。

metatran-
code.faa_.go_

Unigene功(gong)能注釋(shi)

使用 BLAST軟件將非冗余基(ji)因集的序列(lie)與 Swiss-prot、TrEMBL 、GO、COG 、Pfam 和KEGG 數據庫(ku)比(bi)對,了解環境中(zhong)微生物具有的活性功(gong)能。

基(ji)因表達量差(cha)異分(fen)析(xi)

基(ji)因表達具有時間和空間特(te)異性,在兩個不同條件下,表達水平存在顯著差(cha)異的基(ji)因或轉錄(lu)本,稱(chen)之為差(cha)異表達基(ji)因(DEG)。

deg
deg-cluster

差(cha)異表達基(ji)因聚類(lei)分(fen)析(xi)

通過對差(cha)異基(ji)因進行(xing)聚類(lei)分(fen)析(xi),可以觀(guan)察(cha)各(ge)樣(yang)品(pin)在基(ji)因表達水平上的差(cha)異關系。

差(cha)異基(ji)因富集分(fen)析(xi)

對差(cha)異基(ji)因做功(gong)能富集分(fen)析(xi),有助(zhu)于了解微生物對不同環境的響應機(ji)制。

deg-enrich
Q1.宏轉錄(lu)組與宏基(ji)因組差(cha)別?

宏基(ji)因組是(shi)以環境中(zhong)所(suo)有微生物的DNA為研究對象(xiang),宏轉錄(lu)組以環境中(zhong)所(suo)有微生物的RNA為研究對象(xiang),宏基(ji)因組告訴我們環境中(zhong)所(suo)有微生物能夠做什(shi)麼(me),而宏轉錄(lu)組告訴我們環境中(zhong)所(suo)有微生物正(zheng)在做什(shi)麼(me)。

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