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宏基(ji)因組技術介紹

宏基(ji)因組( Metagenome)是生境中全部微小生物遺(yi)傳物質的(de)總和,它(ta)包含了可培養的(de)和未可培養的(de)微生物的(de)mu)蜃欏︰昊ji)因組學就是一種以環境樣品中的(de)微生物群(qun)體基(ji)因組為(wei)研xin)慷韻xiang),以yuan)廡蚍治鑫wei)研xin)渴佷 以微生物多樣性、種群(qun)結(jie)構(gou)、進化(hua)關系、功能活性、相互協作關系及與環境之間(jian)的(de)關系為(wei)研xin)磕康de)的(de)新的(de)微生物研xin)糠椒  jie)讀微生物群(qun)體多樣性與豐度(du),探求(qiu)微生物與環境,微生物與宿主之間(jian)的(de)關系,發(fa)掘和研xin)啃碌de)、具有特定功能的(de)mu)頡/p>

實驗(yan)設計到信息分析一站式(shi)服務(wu)

提供全面的(de)宏基(ji)因組研xin)康de)方案設計和售後服務(wu),豐富的(de)標準(zhun)分析以及個性化(hua)分析多角度(du)闡明(ming)環境微生物潛在的(de)功能和作用(yong)機(ji)制。

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分析內容

metagenome-

技術策略與送樣要求(qiu)

?測序策略

Illumina Hiseq PE150測序

DNA送樣要求(qiu)

DNA濃度(du)?≧30ng/μl(Qubit),DNA質量(liang)≧3μg(Qubit),DNA電(dian)泳條帶(dai)清晰(xi),無降解(jie)或者輕(qing)度(du)降解(jie)。

產品優(you)勢(shi)與項(xiang)目經驗(yan)

豐富的(de)nan)xiang)目經驗(yan)與專業的(de)信息團隊,提供全面準(zhun)確的(de)信息分析。

高水(shui)平分析團隊

豐富的(de)nan)xiang)目經驗(yan)

全面的(de)分析內容

專業的(de)售後服務(wu)

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物種注釋

使(shi)用(yong)diamond軟件(jian)將質控後的(de)高質量(liang)測序數據比對到 nr數據庫(ku),得到樣品的(de)物種組成和相對豐度(du)信息。

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物種進化(hua)分析

基(ji)于(yu)樣品物種組成信息,使(shi)用(yong)軟件(jian)MetaPhlAn2繪制物種進化(hua)分枝圖,可以展示樣品所含物種的(de)nan)低(di)辰hua)信息。

微生物基(ji)因功能注釋

將預測到的(de)非(fei)冗(rong)余基(ji)因與Nr、GO、COG和KEGG數據庫(ku)比對,獲得基(ji)因功能注釋信息,了解(jie)環境中微生物潛在的(de)生物學功能。

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CAZy 數據庫(ku)功能注釋

CAZy是碳水(shui)化(hua)合物黴相關的(de)專業數據庫(ku),內容包括能催化(hua)碳水(shui)化(hua)合物降解(jie)、修飾、以及生物合成的(de)nan)喙孛趕導易濉/p>

差異基(ji)因功能富集(ji)分析

通過比較不同環境下微生物基(ji)因的(de)豐度(du),尋找ye)煌 肪誠麓嬖詰de)差異基(ji)因並對這些(xie)差異基(ji)因做(zuo)功能富集(ji)分析,研xin)課?鋃圓(yuan)煌 肪車de)nan)  ji)制。

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Q1.宏基(ji)因組與微生物多樣性的(de)區別?

宏基(ji)因組將基(ji)因組DNA隨機(ji)打斷(duan)成若干條小片段,然後在片段兩端加通用(yong)引(yin)物進行PCR擴增(zeng)測序,將得到的(de)reads進行組裝後進行基(ji)因預測得到基(ji)因序列(lie),眾多基(ji)因構(gou)成環境中微生物的(de)mu)蚣ji)

微生物多樣性主要針對核糖體小亞(ya)基(ji)基(ji)因序列(lie)進行測序(16s rDNA或者18s rDNA),該基(ji)因既存在高度(du)保守的(de)區域還包括高變區,通過特異性引(yin)物對某(mou)一段高變區(如V3區)或某(mou)幾段高變區(如V3-V4區)進行擴增(zeng)測序,然後與數據庫(ku)比對,可特異性識別細菌種類。總的(de)來說,微生物多樣性主要告訴我們環境里(li)有什(shi)麼微生物,而(er)宏基(ji)因組主要告訴我們環境里(li)的(de)微生物能做(zuo)什(shi)麼。

Q2.為(wei)什(shi)麼chun)昊ji)因組與微生物多樣性物種注釋結(jie)果(guo)存在差異?

微生物多樣性和宏基(ji)因組都會分析環境中物種的(de)種類,但是物種的(de)豐度(du)在二者之間(jian)存在一定的(de)差異,第一種原因是微生物多樣性是基(ji)于(yu)核糖體小亞(ya)基(ji)基(ji)因序列(lie)進行物種注釋和豐度(du)統計,但是在不同物種中核糖體基(ji)因的(de)拷(kao)貝數不一樣,這會帶(dai)來一些(xie)誤差;第二種原因是二者在建庫(ku)測序過程中會進行PCR反應,在PCR這個過程中也(ye)會存在一些(xie)誤差。

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