安徽快3

高(gao)效,精(jing)準(zhun),快速

產品介(jie)紹

????????以測序(xu)技(ji)術為基礎(chu),快速精(jing)確調研物種基因(yin)組大小、雜合度(du)、重復序(xu)列比(bi)例等ran)拘xin)息,為制定該物種zhi)娜 yin)組de novo測序(xu)策略提供有效依據,並節省經費,為你(ni)的科研工作保駕護(hu)航。

12

調研圖特點

準(zhun)確評(ping)估基因(yin)組大小

準(zhun)確重復序(xu)列比(bi)例和雜合度(du)

最快速分析速度(du)

標(biao)準(zhun)信(xin)息分析

K-mer 分析以及基因(yin)組大小估計(ji);

基因(yin)組雜合率評(ping)估;

精(jing)細圖建庫方案評(ping)估;

6
qq20180418100750

高(gao)級(ji)信(xin)息分析

重復序(xu)列預(yu)測;

初步基因(yin)預(yu)測和注釋(shi),NT、GO、KeGG比(bi)對;

GC-Depth 分布分析,判(pan)斷測序(xu)偏好性;

SSR標(biao)記鑒定;

樣品間SNP鑒定(多樣本情況(kuang)下)。

基因(yin)組調研圖的意義(yi)

啟動全基因(yin)組測序(xu)的必要前提

了解與近緣物種間的基因(yin)組差異信(xin)息

獲得(de)某物種基因(yin)組的基本信(xin)息

002k1kalzy76lsbnmdn2b
_20180302132605

百(bai)邁客(ke)調研圖優(you)勢

1、免費個性化分析︰完成基本信(xin)息後,免費進行基因(yin)組組裝,啟動精(jing)細圖還gou)嶧竦de)更多優(you)惠。

2、豐富的項目經驗(yan)︰對經濟作物、水(shui)產、林木、昆蟲(chong)、晡乳動物、鳥類等項目經驗(yan)頗豐。

3、高(gao)深度(du)測序(xu)︰50X的基因(yin)組覆蓋度(du)的高(gao)深度(du)測序(xu),結果更準(zhun)確,獲得(de)基因(yin)組組信(xin)息更全面。

基因(yin)組調研圖報告

1 項目概況(kuang)

1.1合同分析內容(rong)

(1) 測序(xu)得(de)到不低于50倍(bei)覆蓋度(du)的數據量。

(2) 樣本質量評(ping)估︰

????a)外源(yuan)物種污(wu)染率評(ping)估;

????b)線粒(li)體(ti)含量評(ping)估;

(3) 基因(yin)組評(ping)估︰

????a) 基因(yin)組大小評(ping)估;

????b) 雜合率評(ping)估;

????c) 重復序(xu)列比(bi)例評(ping)估;

????d) GC含量評(ping)估。

1.2 分析結果概述

(1) 測序(xu)獲得(de)xx ?Gb數據,總(zong)測序(xu)深度(du)約為xx ×li)20比(bi)例達到xx %以上,Q30比(bi)例達到xx %以上。

(2) 通(tong)過(guo)與NT庫比(bi)對表(biao)明樣品不存在污(wu)染。

(3) 對物種zhi)南 li)體(ti)評(ping)估,發現線粒(li)體(ti)含量很低。

(4) 估計(ji)基因(yin)組的大小約xx Mb,雜合率約xx %,重復序(xu)列含量約xx %。

(5) 估計(ji)基因(yin)組的GC含量約xx %。

1.3 項目分析總(zong)結

????????分析表(biao)明,樣品不存在外源(yuan)物種污(wu)染,且質體(ti)含量低,能用于構建精(jing)細圖;同時,估計(ji)基因(yin)組大小約xx? Mb,基因(yin)組的雜合率約xx %,重復序(xu)列含量約xx %,因(yin)此該物種基因(yin)組屬于高(gao)雜合xi)母叢踴yin)組。推薦的測序(xu)方案為xx? ×的270 bp文庫數據和xx? ×的20 Kb三代測序(xu)文庫數據。見表(biao)1。

表(biao)1 ??精(jing)細圖文庫建庫方案

Sequence dataLibraryDepth (×)Data (Gb)
Fragment library270 bp (sequenced)xxxx
Pacbio20 Kbxxxx
Totalxxxx

2 項目流程

2.1 實驗(yan)流程

????????實驗(yan)流程按照Illumina公司提供的標(biao)準(zhun)protocol執(zhi)行,包括︰DNA文庫制備實驗(yan)和測序(xu)實驗(yan)。實驗(yan)流程見圖1

圖1 實驗(yan)流程圖

????????提取基因(yin)組DNA ,進行小片(pian)段文庫建庫測序(xu)。分為以下四個步驟︰

(1)文庫構建︰物理破碎法(超聲(sheng)波震蕩)將合格的基因(yin)組DNA破碎至目的片(pian)段(270 bp),然(ran)後經過(guo)末(mo)端(duan)修復chu) 、加接頭、目標(biao)片(pian)段選擇和PCR等步驟構建小片(pian)段測序(xu)文庫文庫;

(2)文庫質檢(jian)︰利(li)用2100和Q-PCR檢(jian)測文庫片(pian)段大小和文庫定量,確定文庫是(shi)否符合測序(xu)標(biao)準(zhun) ;

(3)芯片(pian)固定︰通(tong)過(guo)橋式(shi)PCR將文庫固定到測序(xu)芯片(pian)上;

(4)上機(ji)測序(xu)利(li)用Hiseq測序(xu)儀對文庫進行雙(shuang)端(duan)150 bp(PE 150)測序(xu),測序(xu)所產生的數據經過(guo)質控後用于下一步信(xin)息分析。

2.2 信(xin)息分析流程

雙(shuang)端(duan)測序(xu)數據通(tong)過(guo)評(ping)估雙(shuang)端(duan)測序(xu)數據通(tong)過(guo)評(ping)估(GC分布統計(ji)、質量值(zhi)Q20、Q30評(ping)估)、過(guo)濾後得(de)到高(gao)質量的數據(clean reads),用于基因(yin)組大小的評(ping)估、基因(yin)組的組裝、GC含量的統計(ji)、雜合率的統計(ji)(以及組裝後的評(ping)估)。具體(ti)信(xin)息分析流程見圖2。

圖2 基因(yin)組調研圖信(xin)息分析流程

3 分析結果

3.1 測序(xu)結果統計(ji)

????????使(shi)用醫蛭樣品的基因(yin)組DNA構建270 bp文庫,在 Illumina Hiseq測序(xu)平台測序(xu)並過(guo)濾得(de)到12.43 Gb高(gao)質量的數據,總(zong)測序(xu)深度(du)約為76 ×li) 廡xu)數據Q20比(bi)例均(jun)在95.34%以上,Q30比(bi)例均(jun)在89.23%以上,滿足(zu)合同要求的50 ×以上xi)牟廡xu)數據量。文庫高(gao)質量的數據量的統計(ji)信(xin)息見表(biao)2。

表(biao)2 ??樣品測序(xu)結果統計(ji)表(biao)

LibraryData (Gb)Depth (×)Q20 (%)Q30 (%)
270 bp8.965496.2790.93
270 bp_add3.472195.3489.23
Total12.4376

注︰Library︰調研圖的測序(xu)文庫;Data (Gb)︰相應測序(xu)文庫的測序(xu)數據量;Depth (×)︰測序(xu)深度(du);Q20 (%)︰測序(xu)質量值(zhi)在20以上xi)募罨bi)例;Q30 (%)︰測序(xu)質量值(zhi)在30以上xi)募罨bi)例。

3.2 樣本質量評(ping)估

3.2.1 樣品污(wu)染評(ping)估

????????樣品如果存在污(wu)染不僅(jin)會降低有效數據量,同時還gou)嵊跋斕餮型擠治黿 淖zhun)確性,導致基因(yin)組大小、雜合率、重復序(xu)列比(bi)例和GC含量等ran)yin)組特征評(ping)估結果出現較大偏差,使(shi)得(de)基因(yin)組組裝建庫策略出現偏差,最終影響後續(xu)的基因(yin)組組裝效果。為了判(pan)斷提取的樣品DNA是(shi)否受到污(wu)染,我(wo)們從測序(xu)得(de)到的270 bp文庫中,隨(sui)機(ji)取10,000條單端(duan)reads,與NT庫進行BLAST[1]比(bi)對,270 bp文庫能夠(gou)比(bi)對上NT庫的reads分別佔總(zong)reads數的1.71%,其中比(bi)對到xx 和xx上xi)eads數分別佔比(bi)對上NT庫reads數的34.5%和6.43%,這兩個物種皆為醫蛭的近緣物種,且比(bi)對結果中未發現植物等異常比(bi)對,因(yin)此該樣品測序(xu)數據不存在污(wu)染,可用于基因(yin)組調研圖分析。一般(ban)的評(ping)估標(biao)準(zhun)︰如果有一定比(bi)例的reads比(bi)對上進化距離(li)較遠的物種如植物,微生物等,則(ze)判(pan)斷樣品可能存在污(wu)染,需要進一步檢(jian)查原因(yin)。具體(ti)比(bi)對統計(ji)表(biao)見表(biao)3。

表(biao)3 ??270 bp文庫NT庫比(bi)對詳表(biao)

SpeciesAligned percentage (%)
A34.5
B6.43
C2.92
D2.92
E2.33

注︰Species︰比(bi)對上xi)奈鎦置ming)稱;Aligned percentage (%)︰比(bi)對到該物種zhi)eads佔所有比(bi)上NT庫reads的比(bi)例。

3.2.2 線粒(li)體(ti)含量評(ping)估

????????由于線粒(li)體(ti)中存在核酸序(xu)列,如果物種測序(xu)文庫中線粒(li)體(ti)DNA含量過(guo)高(gao)時,會影響後期基因(yin)組組裝。因(yin)此評(ping)估文庫中線粒(li)體(ti)DNA含量對判(pan)斷數據能否用于後續(xu)基因(yin)組組裝非常必要。為了評(ping)估測序(xu)數據中線粒(li)體(ti)的含量,我(wo)們利(li)用Illumina Hiseq測序(xu)得(de)到的270 bp文庫與醫蛭近緣物種zhi)南 li)體(ti)序(xu)列(42,362 bp)進行SOAP[2]比(bi)對。比(bi)對結果發現雙(shuang)端(duan)比(bi)上xi)eads數為166,佔總(zong)reads的0.00%,單端(duan)比(bi)上xi)eads數為13,佔總(zong)reads的0.00%,這兩個的比(bi)例都低于經驗(yan)值(zhi)5%。由此判(pan)斷270 bp文庫測序(xu)數據的質體(ti)含量很低,不影響後期基因(yin)組的組裝。比(bi)對統計(ji)結果見表(biao)4。

表(biao)4-1 ??270 bp文庫SOAP比(bi)對結果統計(ji)表(biao)

TypeAligned reads numberTotal reads numberPercentage (%)
Paired-read16659,800,4900.00
Single-read1359,800,4900.00

注︰Type︰比(bi)對上xi)eads的類型;Aligned reads number︰比(bi)對上xi)eads條數;Total reads number︰總(zong)的reads條數;Percentage (%)︰比(bi)對上xi)eads佔總(zong)的比(bi)例。

3.3 基因(yin)組特征評(ping)估

????????利(li)用基因(yin)組調研圖進行基因(yin)組特征的評(ping)估,分為四個方面︰

1) 評(ping)估基因(yin)組大小;

2) 評(ping)估重復序(xu)列比(bi)例;

3) 評(ping)估雜合情況(kuang);

4) GC含量情況(kuang)。

3.3.1 基因(yin)組大小、重復序(xu)列比(bi)例和雜合率評(ping)估

????????利(li)用270 bp文庫數據構建k=19的kmer分布圖(見圖3),進行基因(yin)組大小、重復序(xu)列比(bi)率和雜合率的評(ping)估。由圖3知(zhi),平均(jun)kmer深度(du)即(ji)主峰對應的kmer深度(du)為62。kmer深度(du)出現在主峰對應深度(du)2倍(bei)以上xi)男xu)列為重復序(xu)列,即(ji)深度(du)大于125的kmer序(xu)列為重復序(xu)列。kmer深度(du)出現在主峰對應深度(du)一半處的序(xu)列為雜合序(xu)列,即(ji)深度(du)出現在31附近的kmer序(xu)列為雜合序(xu)列。根據kmer深度(du)信(xin)息,總(zong)kmer數目/平均(jun)kmer深度(du)即(ji)為基因(yin)組大小,估計(ji)基因(yin)組大小約162.99 Mbp。依據kmer分布情況(kuang),估計(ji)重復序(xu)列含量約16.23%,評(ping)估出的雜合率約為1.79%,因(yin)此該物種基因(yin)組屬于高(gao)雜合xi)母叢踴yin)組。

圖3 Kmer分布圖

3.3.2 評(ping)估GC含量

????????基因(yin)組GC含量對二代基因(yin)組測序(xu)的隨(sui)機(ji)性有較大影響。過(guo)高(gao)(>65%)或(huo)過(guo)低(<25%)的GC含量會導致測序(xu)偏向性,嚴重影響基因(yin)組分析結果。物種GC含量是(shi)評(ping)估調研圖分析準(zhun)確性和後續(xu)基因(yin)組組裝難度(du)的重要指標(biao)之一。通(tong)過(guo)對調研圖文庫測序(xu)數據分析,該物種基因(yin)組的GC含量約38.03%,較為適中,不會影響調研圖分析的準(zhun)確性。見表(biao)5。

表(biao)5 ??基因(yin)組GC含量評(ping)估

SpeciesGC content (%)
Hirudo nipponia38.03

注︰Species︰物種名(ming);GC content (%)︰GC含量。

????????綜上所述,該基因(yin)組大小約為162.99 Mb,重復序(xu)列比(bi)例約16.23%,雜合率約1.79%,基因(yin)組的GC含量約38.03%,從基因(yin)組基本結構特征上看,該物種基因(yin)組屬于高(gao)雜合xi)母叢踴yin)組。

參考(kao)文獻

Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ: Basic local alignment search tool. Journal of molecular biology 1990, 215:403-410.

Li R, Li Y, Kristiansen K, Wang J: SOAP: short oligonucleotide alignment program. Bioinformatics 2008, 24:713-714.

其他案例

基因(yin)組de novo測序(xu)是(shi)什(shi)麼?

基因(yin)組de novo測序(xu)也(ye)叫基因(yin)組從頭測序(xu),主要針對未知(zhi)物種zhi)幕yin)組序(xu)列以及需要更新的基因(yin)組,通(tong)過(guo)構建基因(yin)組DNA文庫,並進行測序(xu)。然(ran)後通(tong)過(guo)生物信(xin)息學(xue)的方法對測序(xu)所得(de)到的數據進行拼接、組裝和注釋(shi),從而獲得(de)該物種完整的基因(yin)組序(xu)列圖ji)住/p>

三代基因(yin)組相比(bi)二代基因(yin)組的優(you)勢有哪些?

三代測序(xu)具有長度(du)長的特點,平均(jun)讀長在10-15Kb,而二代測序(xu)的讀長為PE125-250bp,所以二代測序(xu)在遇(yu)到重復序(xu)列,雜合難題時,就很無力。而三代測序(xu)能有效的解決(jue)這些問(wen)題。所以三代基因(yin)組具有超高(gao)的組裝指標(biao),組裝錯誤率更低,組裝的完整性更好等優(you)點。

三代的錯誤率高(gao)能否用于基因(yin)組組裝?

三代的錯誤率是(shi)隨(sui)機(ji)的堿基錯誤率,錯誤率達15%,但隨(sui)著自身覆蓋度(du)的增加就可以進行糾(jiu)錯,當覆蓋度(du)在30X以上時,堿基準(zhun)確度(du)達99.99%以上。所以三代數據用于基因(yin)組組裝是(shi)完全沒有問(wen)題的。

基因(yin)組的樣品選擇?

基因(yin)組精(jing)細圖的樣品要盡量與調研圖樣品為同一個體(ti),植物樣品最好選擇無污(wu)染的組培苗、嫩葉(ye)等,而動物樣品最好選擇全血(xue)或(huo)者內髒組織。

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