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快(kuai)速 準確 個性化

遺(yi)傳進化介紹

生(sheng)物大分子(zi)蘊藏了豐富的生(sheng)物進化的遺(yi)傳信息,從(cong)分子(zi)水平研究ke)鏌yi)傳進化具有以下優點(dian)︰

1、根據核 酸和氨基酸的的結構差(cha)ju)歟 蘭ji)生(sheng)物種類的分化時間和速度;

3、估算遺(yi)傳多(duo)樣(yang)性,反(fan)cong)澄鎦終媸檔慕 繃Γ/p>

2、減少趨同、平行進化等干擾,揭示物種之間真實的系di)撤 叵擔/p>

4、進一步(bu)將性狀和基因緊密(mi)聯系起來(lai),揭示性狀調控相關基因。

遺(yi)傳進化研究方向

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分析流(liu)程

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重測序(xu)-遺(yi)傳進化

技術介紹︰通(tong)過對代(dai)表性材料(建議最少兩個亞群以上(shang),每(mei)個亞群≧10份個體或(huo)混池)進行全基因組重測序(xu),檢測SNPs和Indels等變異信息並進行群體遺(yi)傳學分析,如連(lian)鎖(suo)不平衡分析、系di)撤 治觥?禾褰 狗治觥 行 禾宕笮》治觥 蛄liu)分析等。

適用研究方向︰有參(can)考基因組的物種群體相關研究,包括群體適應性研究,群體選擇馴化研究,種群歷史動(dong)態研究,亞群間精確變異數(shu)據庫建立(li)。

分析內容

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系di)撤 /span>

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SLAF-遺(yi)傳進化

技術介紹︰為研究群體遺(yi)傳結構及其(qi)變化規(gui)律,對同一物種的不同亞種、地理群體或(huo)者種屬(shu)間較近緣(yuan)的物種進行簡化基因組測序(xu),通(tong)過與參(can)考基因組或(huo)同源聚類比(bi)對,得到大量的SNPs變異信息,分析群體的遺(yi)傳結構、選擇壓力和影響群體遺(yi)傳平衡的因素,探討(tao)群體演(yan)化機制。

適用研究方向︰有參(can)物種和無參(can)物種群體研究,包括核心(xin)種質篩選,群體適應性研究,群體選擇馴化研究。

分析內容

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轉錄組-遺(yi)傳進化

技術介紹︰轉錄組群體遺(yi)傳進化是基于轉錄組的高通(tong)量測序(xu)快(kuai)速、全面解析不同品(pin)系、不同亞種的進化關系,以及組織差(cha)ju)轂澩鍇榭kuang)和關系的生(sheng)物學研究方法。

適用研究方向︰有參(can)物種、無參(can)物種和基因組復雜的物種群體研究,包括群體適應性研究,群體選擇馴化研究。

分析內容

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項目經驗(yan)豐富,碩果累累!

百(bai)邁客自2009年成立(li)以來(lai),經過2年的沉澱積累和6年的奮激薄發,在(zai)群體研究方面已完成上(shang)百(bai)個物種的項目,共發表文(wen)章160+篇(pian),累計(ji)影響因子(zi)達480+,其(qi)中包含(han)多(duo)篇(pian)Nature Genetics、 Nature Communications及PNAS等國際等級期刊。

豐富的項目案例(li)

優秀的分析人(ren)員

火箭(jian)般的進展(zhan)速度

耐心(xin)的售後(hou)服務

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系di)撤 /strong>

系di)撤 phylogenetic?tree,又稱evolutionary?tree進化樹)是描述群體間進化順序(xu)的分支(zhi)圖或(huo)樹,表示群體間的進化關系。通(tong)過生(sheng)物信息學的方法,可(ke)以建立(li)物種的系di)撤 鰨 約巴tui)測生(sheng)物進化的時間和過程。

什麼是PCA分析?

基于SNP,通(tong)過cluster軟件,進行主元成分分析(Principal?components?analysis,?PCA)分析,得到樣(yang)品(pin)的主元成分聚類情況(kuang)。通(tong)過PCA分析,能夠獲得哪些樣(yang)品(pin)相對比(bi)較接(jie)近,哪些樣(yang)品(pin)相對比(bi)較疏遠(yuan),可(ke)以輔助進化分析。

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Fst分析

群體的固定系數(shu)Fst反(fan)cong)沉巳禾宓任換蛟雍閑運 健st是傳統衡量種群間遺(yi)傳分化的mu)局副輳 綣秩褐心(xin)掣齙任換蛞蛭 雜諤囟ㄉsheng)境的適合度較高而經歷適應性選擇,那麼其(qi)頻率的升(sheng)高會增大種群間的分化水平,反(fan)cong)吃zai)數(shu)據上(shang)就是選擇區域有較大的Fst值。

核 酸多(duo)態性(π)分析

π是衡量核 酸多(duo)態性yuan)鬧副輳 皇苧yang)本大小的影響,是選擇清除分析常用的指標。π值越小,表示核 酸多(duo)態性越低(di)。π分析結果如下圖所示,橫軸表示基因組的位置(zhi),縱坐(zuo)標表示π值。

遺(yi)傳進化群體材料如何(he)選擇?
研究目的材料選擇
種群歷史動(dong)態研究選擇起源中心(xin)的材料
適應性研究選擇不同生(sheng)境的典(dian)型材料
選擇馴化研究選擇野生(sheng)與馴化相關的典(dian)型材料
亞群間精確變異數(shu)據庫的建立(li)每(mei)個亞群選擇一個最典(dian)型材料
SLAF-遺(yi)傳進化測序(xu)標簽(qian)數(shu)及深度建議
基因組倍性基因組大小推(tui)薦測序(xu)量
二(er)倍體物種<1G10萬標簽(qian),10×
1~3G20萬標簽(qian),10×
>3G30萬標簽(qian),10×
多(duo)倍體30萬標簽(qian),10×
普通(tong)小麥50萬標簽(qian),10×
核心(xin)種質篩選5-10萬標簽(qian),10×
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