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全面分析 深度研究

真菌基因組產品(pin)技術介(jie)紹

真菌基因組研究,?采用(yong)2+3或(huo)2+3+HiC等測序(xu)策略對真菌基因組進行測序(xu)、組裝(zhuang)以及功能注釋,可根據(ju)不同需(xu)求選擇真菌基因組調研圖、真菌基因組精細圖以及真菌基因組準(zhun)完成圖進行研究

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根據(ju)不同研究提供全面技術分析

真菌基因組相對復(fu)雜,百邁客可根據(ju)具(ju)體的研究目的提供不同的研究方案,采用(yong)二代(dai)測序(xu)、三代(dai)測序(xu)以及HiC等que)feng)富全面的測序(xu)平台對真菌基因組進行深度研究。

具(ju)體技術介(jie)紹

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具(ju)體送樣要求

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全面豐(feng)富的信(xin)息分析內容(rong)

提供專(zhuan)業的真菌基因組分析,精確(que)豐(feng)度的標準(zhun)分析對真菌詳(xiang)細信(xin)息進行解讀,全面了解基因組信(xin)息,通過比較基因組分析,可更(geng)深度解讀真菌生(sheng)物學(xue)意義。

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真菌基因組測序(xu),依托豐(feng)富全面的二代(dai)測序(xu)、三代(dai)測序(xu)、HiC等先進平台,百邁客對于真菌基因組研究更(geng)為(wei)專(zhuan)業。

多(duo)角度研究技術

全面的信(xin)息分析

豐(feng)富的項目經驗(yan)

提供整體解決(jue)方案

技術路線(xian)

對真菌基因組進行提取,根據(ju)研究目的進行不同產品(pin)選擇,對應相應建庫測序(xu)策略組裝(zhuang)真菌基因組進行分析。

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KOG分析

真菌基因預測基因比對到KOG數據(ju)庫,可對真菌基因產物進行直系同源分類。

共有特有xie)蚍治/strong>

通過比較基因組分析,借助OrthoMCL軟件對蛋白序(xu)列進行家族(zu)分類,尋找真菌特有的基因家族(zu)。

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信(xin)號(hao) 預測

號(hao) 是引導新合(he)成的蛋白質向分泌通路轉移的短 鏈,可以引導蛋白跨膜轉移。利用(yong)已(yi)預測得到的蛋白質序(xu)列,預測氨基酸序(xu)列中是否存(cun)在信(xin)號(hao) 

共線(xian)性分析

利用(yong)真菌的基因序(xu)列與近(jin)源物種的基因序(xu)列進行Blastn比對,尋找兩個物種間(jian)同源的基因、蛋白序(xu)列,然(ran)後根據(ju)同源基因在各個真菌中序(xu)列上的位置信(xin)息得到核酸水平上的共線(xian)性關(guan)系

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1、真菌基因組二代(dai)+三代(dai)具(ju)體是怎(zen)麼組裝(zhuang)的?

答︰具(ju)體的組裝(zhuang)方法有三種,選擇最(zui)優的組裝(zhuang)結果。

方法一︰二代(dai)數據(ju)和三代(dai)數據(ju)測序(xu)片段混合(he)xian)樽zhuang);

方法二︰二代(dai)數據(ju)和三代(dai)數據(ju)分別組裝(zhuang),然(ran)後再(zai)用(yong)分別組裝(zhuang)後的結果在congtig水平再(zai)連接組裝(zhuang);

方法三︰二代(dai)數據(ju)組裝(zhuang),再(zai)用(yong)三代(dai)數據(ju)對二代(dai)組裝(zhuang)的contig進行連接到scaffold水平。

2、真菌基因組準(zhun)完成圖是什麼意思(si)?

答︰真菌基因組準(zhun)完成圖是通過二代(dai)測序(xu)+三代(dai)測序(xu)+光學(xue)圖譜(pu)結合(he)進行組裝(zhuang)分析,將(jiang)真菌基因組組裝(zhuang)到近(jin)染色體的水平,組裝(zhuang)到近(jin)染色體不是說通過光學(xue)把組裝(zhuang)的scaffold掛到染色體上,意思(si)是組裝(zhuang)出來的scaffold數量接近(jin)染色體的數量,是組裝(zhuang)完整性的一種指標。

3、真菌基因組材料(liao)選擇有哪(na)些注意事項?

答︰對于真菌基因組測序(xu),首先注意保證不要有雜菌的污染,需(xu)要通過核染色確(que)定真菌基因組是單核還是多(duo)核,可通過細菌基因組調研圖來確(que)定雜合(he)度以及重復(fu)序(xu)列,再(zai)評估(gu)最(zui)佳的精細圖測序(xu)策略。

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