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環狀RNA(circRNA)是一類特殊的非編(bian)碼(ma)RNA分子,也是RNA領域最新(xin)的研究熱點。與傳統的線性RNA(linear RNA,含5’和3’末端)不同,circRNA分子呈封閉環狀結構,不受RNA外切黴影響,表達(da)更(geng)穩定(ding),不易降dao)jie)。近(jin)幾年(nian)的研究表明(ming),circRNA在生(sheng)物的生(sheng)長發育(yu)、對外界環境的抵御等(deng)方面具(ju)有(you)重(zhong)要的調控作用。CircRNA功能眾多,可作為miRNA的海綿(mian),競爭性結合miRNA,發揮(hui)ceRNA的調控功能,調控基因(yin)表達(da)。近(jin)年(nian)來(lai)還發現(xian)與疾(ji)病的發生(sheng)和發展密切相(xiang)關,在疾(ji)病診斷標記(ji)物等(deng)方向具(ju)有(you)很大的應用前景。

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多種標準(zhun)化和個性化分析

標準(zhun)數據分析︰與參考基因(yin)組(zu)對比(bi)、circRNA來(lai)源基因(yin)分析、預測circRNA、circRNA表達(da)水平分析

高級(ji)數據分析︰circRNA-miRNA互(hu)作分析、互(hu)作網絡(luo)圖繪制、ceRNA分析、WGCNA分析

文(wen)庫類型(xing)多樣化,環狀/Lnc任wen)/strong>

環狀RNA文(wen)庫排除線性RNA 干擾,提(ti)高數據可靠性及利用率。lncRNA文(wen)庫一舉三(san)得,CircRNA、mRNA、lncRNA一網打盡,共表達(da)分析深化機理研究

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CircRNA預測

circBase數據庫中收(shou)錄了人、小鼠、線蟲(chong)、矛(mao)尾(wei)魚(yu)和腔棘(ji)魚(yu)五個物種的CircRNA序列。百邁客綜合目前應用最廣泛(fan)的CircRNA預測軟件對環狀RNA成環的剪接位點進(jin)行預測,候選CircRNA的剪接位點兩側存在GU/AG。相(xiang)同染色體上來(lai)源基因(yin)起止位點相(xiang)同即(ji)為同一CircRNA。多個樣品(pin)取並集得到(dao)的所有(you)CircRNA用于後(hou)續分析。

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我(wo)們會(hui)對CircRNA在基因(yin)組(zu)上的分布作統計pin)治觶  ircos圖呈現(xian)出各個樣品(pin)CircRNA表達(da)量。circos圖ji)邐故境霾煌 pin)某位點環狀RNA剪接穩點的數量及junction reads覆蓋深度(du)。

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差異CircRNA聚類分析

聚類分析用于判斷差異基因(yin)在不同實驗條(tiao)件下的表達(da)模式,可通過將表達(da)模式相(xiang)同或(huo)相(xiang)近(jin)的基因(yin)聚集成類,從而識別未知(zhi)基因(yin)的功能或(huo)已知(zhi)基因(yin)的未知(zhi)功能,同類基因(yin)可能具(ju)有(you)相(xiang)似(si)的功能或(huo)共同參與同一代(dai)謝過程。對篩選出的差異表達(da)CircRNA做層次聚類分析,將具(ju)有(you)相(xiang)同或(huo)相(xiang)似(si)表達(da)行為的CircRNA進(jin)行聚類。

差異CircRNA來(lai)源基因(yin)注釋

生(sheng)物體內,在特定(ding)條(tiao)件下某些基因(yin)對應的轉(zhuan)錄本會(hui)形成環狀RNA,失(shi)去編(bian)碼(ma)功能,從而影響生(sheng)物學表型(xing)。因(yin)此,針對circRNA的來(lai)源基因(yin)分別進(jin)行GO和KEGG注釋及an)患 治觶 you)助于深入(ru)挖掘(jue)circRNA功能。

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沒hui)you)參考基因(yin)組(zu)是否能做CircRNA呢?

答︰在CircRNA預測時,測序clean reads需要與參考基因(yin)組(zu)比(bi)對,得到(dao)準(zhun)確的成環剪接位點(breakpoint);如(ru)果沒hui)you)參考基因(yin)組(zu)或(huo)者只hui)you)無參轉(zhuan)錄組(zu)得到(dao)的Unigene,可能會(hui)由(you)于拼接錯誤等(deng)造成CircRNA預測不準(zhun)確,所以為了得到(dao)準(zhun)確的分析結果,需要選擇(ze)有(you)參考基因(yin)組(zu)物種進(jin)行分析。

CircRNA的成環機制都有(you)哪些?

答︰CircRNA的成環機制有(you)︰套索(suo)驅動的環化;內含子配對驅動的環化;內含子環化;RBP或(huo)一類反式jie)蜃憂 幕坊 豢殺浼艚右鸕幕坊 /p>

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