万人射龙门

快速,準確(que),高性價比

高效快速基因定位策略

BSA分(fen)析(xi)是將分(fen)離群體中表現出極(ji)端性狀的個體混合起來構建兩個混池,通過分(fen)析(xi)兩個混池間差異序列,快速定位與(yu)目的基因緊密連(lian)鎖分(fen)子(zi)標(biao)記的分(fen)析(xi)方jiao)  梅椒(jiao) guang)泛(fan)應用(yong)于動植物基因定位中。

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個性化分(fen)析(xi)方案(an)

BSA分(fen)析(xi)以其快速、準確(que)、性價比高的分(fen)析(xi)特點(dian)在(zai)許多物種的幾十個性狀上得到廣(guang)泛(fan)應用(yong)

針(zhen)對特定的群體和性狀,我們將會推薦(jian)合理的分(fen)析(xi)方案(an)

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分(fen)析(xi)內容

根據物種基因組大(da)小、復雜度和研究目的,可以選擇不同的分(fen)析(xi)策略,包括(kuo)重測序-BSA及其突變體分(fen)析(xi)形(xing)式Mutmap、SLAF-BSA和轉(zhuan)錄jia)BSA(BSR)

重測序-BSA
測序數(shu)據質控
與(yu)參考基因組比對
SNP、InDel檢測和注(zhu)釋
關聯分(fen)析(xi)
關聯區域注(zhu)釋

SLAF-BSA
測序數(shu)據質控
與(yu)參考基因組比對(有參物種)
標(biao)簽(qian)聚類(lei)分(fen)析(xi)(無參物種)
SLAF標(biao)記開發(SNP、InDel)
關聯分(fen)析(xi)
關聯區域注(zhu)釋(有參物種)

BSR
測序數(shu)據質控
轉(zhuan)錄jia)槭shu)據與(yu)參考基因組序列比對
(無參進行親本unigene庫組裝)
基因結構分(fen)析(xi)
基因表達(da)量分(fen)析(xi)
關聯分(fen)析(xi)
候選區域可變剪接(針(zhen)對有參物種)
候選基因差異表達(da)分(fen)析(xi)及功能注(zhu)釋

技術優(you)勢

百邁客成(cheng)功完(wan)成(cheng)了近300個物種的1000多個性狀的定位工作,項目經(jing)驗及其豐(feng)富

目前已發表文章30+,累計影(ying)響(xiang)影(ying)子(zi)100+

公司擁有 40 余項專利技術和 150 余項軟件(jian)著作權(quan),可根據項目需(xu)要選擇最佳分(fen)析(xi)方案(an),保障結果精準

自己(ji)動手(shou)做分(fen)析(xi)百邁客雲

BSA定位、關聯閾值調(diao)整、關聯區域數(shu)據深度挖掘,這些你都可以通過百邁客雲輕松(song)實現!

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選材要求及測序方案(an)

取樣(yang)要求測序方案(an)項目周(zhou)期
重測序-BSA需(xu)要有參考基因組序列的物種,SLAF-BSA和BSR有xing)薏慰薊蜃榫/td>Hiseq測序平台,PE150bp測序策略,保證Q30達(da)到80%SLAF-BSA︰40天
重測序-BSA、BSR︰45天
具(ju)有重要農藝性狀個體構建的遺傳群體(臨時群體︰F1、F2;永(yong)久群體︰RIL、DH、NIL?等)SLAF-BSA︰?推薦(jian)混池中每個子(zi)代標(biao)簽(qian)平均深度≧1×,親本標(biao)簽(qian)平均深度≧20×
子(zi)代混池規(gui)模︰質量性狀不低(di)于30+30(SLAF-BSA推薦(jian)不低(di)于50+50),數(shu)量性狀推薦(jian)選取群體規(gui)模的5%-10%,同時不低(di)于30+30(SLAF-BSA推薦(jian)不低(di)于50+50)的個體數(shu)重測序-BSA︰推薦(jian)混池中每個子(zi)代測序深度≧1×,每個親本≧10×
BSR取樣(yang)時選取所關注(zhu)性狀發育(yu)的關鍵時期BSR︰推薦(jian)親本測序量不低(di)于6G?Clean?data,子(zi)代混池測序量不低(di)于10G?Clean?data

測序數(shu)據統計與(yu)評估

高質量的測序數(shu)據是進行後續分(fen)析(xi)的重要基礎,在(zai)獲得測序的Raw data後,我們將會進行測序數(shu)據產出統計、堿基測序質量分(fen)布、堿基類(lei)型分(fen)布等多種測序評估方式,保證測序數(shu)據的準確(que)性。

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遺傳變異檢測

SNP(Single Nucleotide Polymorphism)及InDel(Insertion-Deletion)是基因組上最為常(chang)見(jian)的遺傳標(biao)記,具(ju)有數(shu)量多、多態(tai)性豐(feng)富的特點(dian),SNP和InDel的檢測主要通過GATK和samtools軟件(jian)工具(ju)包實現,變異位點(dian)注(zhu)釋使(shi)用(yong)SnpEff軟件(jian)。

關聯分(fen)析(xi)

根據親本和混池的SNP及Indel標(biao)記,利用(yong)SNP-Index和ED分(fen)析(xi)方jiao)ㄍ 苯斜biao)記與(yu)性狀的關聯分(fen)析(xi),獲得與(yu)目標(biao)性狀相關的基因。

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關聯區域注(zhu)釋

應用(yong)BLAST軟件(jian)對候選區間內的編(bian)碼基因進行多個數(shu)據庫(NR、Swiss-Prot、GO、KEGG、COG)的深度注(zhu)釋,通過詳細的注(zhu)釋,進一步縮小關聯區域,快速篩選候選基因。

成(cheng)功案(an)例

混池規(gui)模多少合適?

對于數(shu)量性狀定位的混池,通常(chang)建議混池規(gui)模為群體大(da)小的5%-10%。不同的測序策略,混池規(gui)模會有略微(wei)的差別,重測序BSA及轉(zhuan)錄jia)SA最低(di)要求30個以上xi)LAF-BSA最低(di)要求50個以上。文獻報道(300樣(yang)/池&160樣(yang)/池相比)混池規(gui)模越大(da),定位的效果會越好(hao)。

混池的測序深度推薦(jian)?

常(chang)測序數(shu)據量越大(da),標(biao)記的準確(que)性會越高,但成(cheng)本也(ye)會越高,綜合考慮,在(zai)這里我們給大(da)家提供(gong)BSA項目的最低(di)數(shu)據量。對于SLAF-BSA,通常(chang)我們建議子(zi)代混池至少達(da)到每個個體1×的數(shu)據量,比如(ru)混池規(gui)模為30+30,那麼每個混池測至少30×;對于重測序BSA,混池規(gui)模在(zai)50以下,子(zi)代1×的數(shu)據是可以的,但是像基因組比較大(da)的物種(如(ru)玉米),若混池規(gui)模為100+100這樣(yang)的情況,每個混池測50×也(ye)是沒有xing)侍獾摹/p>

BSA能不能做由Indel、結構變異(轉(zhuan)座子(zi)滑變)、導入(ru)系片段所引起的性狀差異的定位?

能做。現在(zai)我們的BSA關聯分(fen)析(xi)是基于SNP,因為SNP在(zai)基因組上的密度要遠(yuan)遠(yuan)高于Indel以及結構變異,這會使(shi)我們定位更加精細。如(ru)果某一個性狀是由Indel、結構變異、導入(ru)系所引起的,那麼它(ta)通常(chang)是與(yu)某些SNP連(lian)鎖發生(sheng)的,通過SNP我們會找到候選區域,再在(zai)候選區域內尋(xun)找這些Indel或(huo)結構變異或(huo)導入(ru)系,來尋(xun)求決定該性狀的Indel或(huo)結構變異或(huo)導入(ru)系。

BSA沒有親本可不可以做?

可以,對于沒有親本的混池,我們會采取ED的方jiao) 泄亓 fen)析(xi)。

有親本和沒有親本,對yuan)ㄎ恍?杏ying)響(xiang)嗎?

有影(ying)響(xiang)。從關聯分(fen)析(xi)的方jiao)ㄉ希(xi) 星妝鏡SA我們會有兩jie)止亓 fen)析(xi)方jiao) NP-Index和ED,最後的定位結果是兩jie)址(zhi)椒(jiao) 慕患  耷妝鏡鬧荒苡yong)ED的方jiao) 泄亓 fen)析(xi)。有親本的作用(yong)是排(pai)除親本非多態(tai)性yuan)曇嵌遠(yuan)ㄎ壞撓ying)響(xiang),舉(ju)例說明一下,有一個標(biao)記在(zai)混池間是有多態(tai)性的,但在(zai)親本上是沒有多態(tai)性,如(ru)果有親本,我們的定位結果是不會有這樣(yang)的標(biao)記,但是沒有親本,定位結果中就會有這樣(yang)的標(biao)記,定位的區域會變大(da),假(jia)陽性較多。

老師群體有兩個,但每個個體都不多,能不能把兩個群體混合做?

不可以,兩個不同群體所采用(yong)的閾值沒法計算。

SLAF-BSA定位區域,想在(zai)精細一點(dian)怎麼做?

推薦(jian)至少做兩個親本的重測序,這樣(yang)我們會提供(gong)定位區域內非同義突變基因的信息,進一步縮小候選區域的範圍(wei),相當于在(zai)SLAF-BSA的基礎上精細點(dian),如(ru)果老師經(jing)費允許的話,群體也(ye)做重測序效果肯定是更好(hao)的,群體的SNP信息要遠(yuan)高于SLAF的,定位也(ye)會相應變精細點(dian)。

無參做SLAF-BSA和BSR區別?

沒有參考基因組的話,通過SLAF我們只能關聯到一些標(biao)簽(qian),對于老師後期的數(shu)據利用(yong)並不是特比好(hao),而通過轉(zhuan)錄jia)榭梢越ningene的組裝,進而通過關聯分(fen)析(xi)獲得候選區域內的Uningene信息並進行功能注(zhu)釋,對于老師後期數(shu)據利用(yong)還是比較好(hao)的。

Mutmap定位的適用(yong)條件(jian)?

化學(xue)誘變或(huo)者(zhe)是物理誘變引起的點(dian)突變;野生(sheng)型親本重測序+突變型子(zi)代混池測序;有參考基因組;任何發生(sheng)性狀分(fen)離的家系群體。

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