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細(xi)菌基因(yin)組(zu)完成圖(tu)技術介(jie)紹

通過采用(yong)三代測(ce)序技術,對細(xi)菌基因(yin)組(zu)進行測(ce)序、拼接、組(zu)裝(zhuang),獲得(de)完整細(xi)菌基因(yin)信息。對yun)浣泄δ芑yin)注(zhu)釋以及個(ge)性化分析(xi),全面解(jie)析(xi)細(xi)菌生物(wu)學意義。細(xi)菌基因(yin)組(zu)研xin)坎喚 欣諮芯(xin)肯xi)菌的基本生命(ming)過程(cheng),?同(tong)時也對高等真核生物(wu)的基因(yin)組(zu)學及後基因(yin)組(zu)學研xin)刻 ├瞬慰肌/p>

實驗設計到信息分析(xi)的解(jie)決方(fang)案

提供方(fang)案gan)杓頻絞酆蠓裾南xi)菌基因(yin)組(zu)研xin)坎唄lue),全面豐富的標準分析(xi)以及個(ge)性化多(duo)角度解(jie)決微生物(wu)生物(wu)學意義。

  • 方(fang)案確fan)/h3>

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技術策略(lue)與送樣要求

二代測(ce)序深(shen)度︰ ≧100x、三代測(ce)序深(shen)度︰ ≧100x、承諾指標細(xi)菌完成圖(tu) 0gap

DNA送樣︰

DNA濃(nong)度?≧20ng/μl(Qubit),DNA質量≧15ug(Qubit)DNA電泳(yong)條帶單一(yi),無(wu)明顯降解(jie)。

菌體送樣︰

收集生長對數期菌體,收集離心菌體數3×1010?個(ge),與無(wu)菌離心管中,液氮速凍,干(gan)冰(bing)運(yun)輸。

產品優勢與項目經驗

豐富的項目經驗與專業的信息團隊,提供全面準確的信息分析(xi)。

高水平分析(xi)團隊

豐富的項目經驗

全面的分析(xi)內(na)容

專業的售後服務

數據(ju)質控

細(xi)菌完成圖(tu)三代測(ce)序數據(ju)下機後,對原始的下機數據(ju)(Raw?reads)經過數據(ju)過濾(lv),可(ke)得(de)到高質量測(ce)序數據(ju)(subreads)用(yong)于後期拼接組(zu)裝(zhuang)分析(xi)。

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基因(yin)組(zu)圈圖(tu)

利用(yong)已預測(ce)得(de)到的基因(yin)組(zu)信息,如重復序列、GC含量等,應用(yong)軟件Circos繪(hui)制基因(yin)組(zu)圈圖(tu)。Circos可(ke)視化基因(yin)組(zu),可(ke)以更(geng)清晰的探(tan)索(suo)基因(yin)組(zu)組(zu)件或位置之間的關系。

GO注(zhu)釋分析(xi)

利用(yong)預測(ce)得(de)到的基因(yin)序列與GO功能數據(ju)庫(ku)做blast比對,可(ke)以yuan)韻xi)菌基因(yin)和蛋白質進行限定和描(miao)述。通過GO分析(xi),可(ke)以把基因(yin)按(an)照其參與生物(wu)學過程(cheng)、構成細(xi)胞(bao)的mou)煞趾褪迪值姆腫庸δ艿冉蟹擲唷/p>

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進化樹分析(xi)

使用(yong)基因(yin)家族分析(xi)中的單拷(kao)貝(bei)基因(yin)家族中的單拷(kao)貝(bei)基因(yin)(物(wu)種之間一(yi)一(yi)對應的直系同(tong)源基因(yin))構建超級基因(yin)序列,利用(yong)phyML軟件構建物(wu)種系統進化樹,從而展現物(wu)種間的進化親緣關系。

特有xie)yin)代謝(xie)通路分析(xi)

通過共有和特有xie)yin)分析(xi),某(mou)個(ge)物(wu)種特有的基因(yin)常與該物(wu)種特有的環(huan)境或者(zhe)進化過程(cheng)相關,分析(xi)物(wu)種特有的基因(yin)也可(ke)能可(ke)以解(jie)釋物(wu)種特有的生命(ming)特征(zheng)。在通用(yong)數據(ju)庫(ku)注(zhu)釋部分已經對測(ce)序菌株的所有xie)yin)進行了詳細(xi)的功能注(zhu)釋。

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1、細(xi)菌基因(yin)組(zu)完成圖(tu)為什麼(me)要測(ce)二代數據(ju)?

答(da)︰細(xi)菌基因(yin)組(zu)會有100x的二代測(ce)序,其一(yi),二代數據(ju)組(zu)裝(zhuang)檢測(ce)細(xi)菌樣品是(shi)否有雜yong)?荊 潿 ju)用(yong)于三代數據(ju)糾錯。從而得(de)到完整準確的細(xi)菌基因(yin)組(zu)。

2、細(xi)菌基因(yin)組(zu)完成圖(tu)是(shi)否可(ke)以組(zu)裝(zhuang)出(chu)質粒?

答(da)︰細(xi)菌細(xi)胞(bao)內(na)一(yi)般會純(chun)在部分質粒,細(xi)菌基因(yin)組(zu)完成圖(tu)可(ke)以組(zu)裝(zhuang)出(chu)部分質粒信息,但是(shi)由于建庫(ku)的mou)?紉約爸柿5氖肯拗疲 槐Vzheng)完全組(zu)裝(zhuang)出(chu)所有質粒。

3、細(xi)菌基因(yin)組(zu)測(ce)序中比較基因(yin)組(zu)分析(xi)是(shi)什麼(me)?

答(da)︰細(xi)菌基因(yin)組(zu)比較基因(yin)組(zu)分析(xi),主要是(shi)分析(xi)有親緣關系的細(xi)菌基因(yin)之間的差(cha)別(bie),通過比較基因(yin)組(zu)分析(xi)親緣遠(yuan)近(jin)關系,特有和共有xie)yin)以及共線性分析(xi)等,找到差(cha)異基因(yin),對差(cha)異基因(yin)進行功能注(zhu)釋,解(jie)析(xi)近(jin)緣關系細(xi)菌間生理或形態差(cha)別(bie)的原因(yin)。

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