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抗(kang)擊疫情(qing)我(wo)們在行(xing)動

疫情(qing)猛于虎,疫情(qing)就是命令,時間就是生命,隨(sui)著全國抗(kang)擊新(xin)型冠狀病毒(du)肺炎(yan)的戰役打響,百(bai)邁客研發人員自疫情(qing)爆發以來,主動放棄休息,默默工(gong)作,日夜奮戰,爭分奪秒(miao),盡(jin)全力開發病毒(du)分析平台,為(wei)全國一線疫情(qing)防控提(ti)供強有力的技術支持。

2020年02月24日,百(bai)邁客首版“新(xin)型冠狀病毒(du)基(ji)因組數據分析綜合平台”免費yan)xiang)科研人員開放,上線後,來自全國18個高校和研xin)康?壞姆夢wen)量己(ji)達到2042次。其中包含同(tong)濟大(da)學醫學院、哈爾濱醫科大(da)學、華中農業大(da)學、武漢大(da)學、包頭(tou)醫學院等等,不少(shao)專(zhuan)家學者對百(bai)邁客所做(zuo)的努力給(gei)以了肯定,也提(ti)出了非(fei)常多的改進意見與使用(yong)需求。
近(jin)一周來,通過研發人員加(jia)班加(jia)點(dian)的不懈努力,于2020年02月24日正式上線第二期“新(xin)型冠狀病毒(du)(nCoV)基(ji)因組數據分析綜合平台”。本期相較于第一期,平台在多個方面完(wan)成優化,以更好的提(ti)高對病毒(du)數據的深入解讀︰

01、不斷豐富病毒(du)數據庫︰

研發人員不斷跟進,並(bing)實(shi)時bei)xin)毒(du)株(zhu)測序信息。目前,病毒(du)數據庫中部署的病毒(du)毒(du)株(zhu)的mu)ji)因組信息已增加(jia)you)7個,具(ju)體(ti)包括︰
1、來源于GISAID的26例新(xin)型冠狀病毒(du)的mu)ji)因組序列xing)畔 br />2、來源于NCBI的MN938384、MN908947、MN975262等3個毒(du)株(zhu)的序列xing)畔 br />3. 來源于NCBI的SARS毒(du)株(zhu)(AY274119.3)的序列xing)畔 ERS毒(du)株(zhu)(KC164505.2、JX869059.2)等3個毒(du)株(zhu)序列xing)畔 br />4. 來源于NGDC的GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000等5個毒(du)株(zhu)的序列xing)畔 br />其中MN938384、MN908947、MN975262、GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000?毒(du)株(zhu)具(ju)有全套(tao)的mu)ji)因組注釋信息,用(yong)戶可以通過Browse的Gene Search模塊根(gen)據特定基(ji)因ID、或者特定基(ji)因組位置完(wan)成特定毒(du)株(zhu)中基(ji)因信息序列 及 基(ji)因結構(gou)的檢索。

02、增加(jia)更多自動化分析工(gong)具(ju)

平台第一期已完(wan)成Blast(序列比對)、Gbrowse(基(ji)因組瀏覽器)、Primer Design(引物設(she)計)、MEGA(進化樹,了解毒(du)株(zhu)的進化起源)、Muscle(全局多序列比對)、MCMCTREE(分化時間估算)、MultipleCompare(蛋(dan)白(bai)多序列比對)等工(gong)具(ju)的部署。
第二期在繼續修(xiu)復(fu)、優化第一期工(gong)具(ju)的同(tong)時,又(you)增加(jia)了bowtie2(將短序列比對至大(da)基(ji)因組的工(gong)具(ju))、bwa(短序列比對)等工(gong)具(ju)。其中,bowtie2具(ju)有速度快(kuai)、節(jie)省內存,比對算法相對嚴(yan)格等特點(dian),科研人員可用(yong)此工(gong)具(ju)實(shi)現快(kuai)速比對,尤其是測序毒(du)株(zhu)與參考基(ji)因組毒(du)株(zhu)的差ju)煨員冉閑 保 話閶≡翊斯gong)具(ju)。bwa比對算法相對寬松,科研人員可用(yong)此工(gong)具(ju)快(kuai)速的將相對較小的片段比對到參考序列上,尤其是當測序毒(du)株(zhu)與參考基(ji)因組毒(du)株(zhu)的差ju)煨員冉洗da)時,一般可選擇此工(gong)具(ju)。

03、更好實(shi)現了數據庫與工(gong)具(ju)的組合使用(yong)

科研人員可使用(yong)平台數據庫,通過工(gong)具(ju)模塊完(wan)成一定的數據挖掘、分析。如通過我(wo)們部署的MEGA工(gong)具(ju),即可以便捷使用(yong)數據庫中已部署的37個毒(du)株(zhu)的參考基(ji)因組序列,而(er)且用(yong)戶可結合自己(ji)存儲的私有毒(du)株(zhu)基(ji)因組序列,構(gou)建(jian)病毒(du)毒(du)株(zhu)的進化樹,了解新(xin)型冠狀病毒(du)的進化樹起源。
我(wo)們將持續跟進、並(bing)更新(xin)平台數據庫,在為(wei)國內外(wai)科研工(gong)作者提(ti)供方便快(kuai)捷的數據檢索及下載(zai)服(fu)務的同(tong)時,在隨(sui)後的三期、四期研xin)考隻hua)中,我(wo)們會繼續部署更多的自動化分析工(gong)具(ju),分析保守域(yu)、毒(du)株(zhu)間的變異信息,尋找毒(du)株(zhu)間的共性的突變信息,為(wei)病毒(du)致病機理的nan)芯(xin)俊 咼緄目  忍ti)供技術支持。
備(bei)注︰針對Muscle、MCMCTREE、MultipleCompare工(gong)具(ju),為(wei)了提(ti)高更大(da)的分析資源,請登錄百(bai)邁客雲平台進行(xing)分析(https://international.biocloud.net/zh/user/login),我(wo)們已經為(wei)您申請了工(gong)具(ju)的賬號︰2019ncov@biomarker.com.cn 密碼(ma): 123.bmk,請登錄雲平台進行(xing)使用(yong)。

04、綜合數據平台的後期規劃(hua)

1、數據庫中將不斷實(shi)時bei)xin)、增添新(xin)測序冠狀病毒(du)毒(du)株(zhu)的mu)ji)因組序列;
2、繼續部署更多款方便快(kuai)捷的自動化分析工(gong)具(ju),為(wei)科研提(ti)供重(zhong)要(yao)的數據支撐。如,後期我(wo)們會部署“病毒(du)基(ji)因組的組裝”、“毒(du)株(zhu)全序列之間的SNP/INDEL”、“測序數據與ref尋找SNP/INDEL”等等多個工(gong)具(ju)模塊,用(yong)于了解冠狀病毒(du)的來源,了解病毒(du)毒(du)株(zhu)變異的路(lu)徑,從而(er)為(wei)後期防控冠狀病毒(du)引起的疫情(qing),和治療新(xin)型冠狀病毒(du)肺炎(yan)提(ti)供重(zhong)要(yao)的數據支撐。
3、病毒(du)數據庫第二期中會時時bei)xin)“新(xin)型冠狀病毒(du)”的nan)芯(xin)肯喙氐奈南(nan)祝 閿謨yong)戶了解目前新(xin)型冠狀病毒(du)的nan)芯(xin)拷埂br />4、同(tong)步整合“騰訊(xun)醫典(dian)”,和 “騰訊(xun)健康”中的新(xin)型冠狀病毒(du)的科普知(zhi)識,幫助用(yong)戶了解疫情(qing)的發展狀況及預(yu)防防治等相關內容。為(wei)用(yong)戶掌握科研進展、了解新(xin)聞動態(tai)與科學知(zhi)識提(ti)供資源與窗口。
總之︰我(wo)們將不斷整合最新(xin)的病毒(du)毒(du)株(zhu)序列xing)畔  鋁τ詿蛟zao)成一個數據最全面、分析功能最強kan)da)的病毒(du)綜合性數據庫平台。

24小時對接聯系人

1、數據庫使用(yong)&數據分析對接人︰

負(fu)責人︰王老(lao)師
手機︰18514282648(同(tong)微(wei)信)
郵箱︰wangf@biomarker.com.cn

2、樣品準備(bei)&測序對接人︰
負(fu)責人︰康老(lao)師
手機︰16622926288(同(tong)微(wei)信)
郵箱︰kangjm@biomarker.com.cn

2018年熬過豬價低(di)迷寒冬,2019年躲過非(fei)洲豬瘟的肆(si)虐,18-19年都扛(kang)過來了,2020年的春天(tian)還遠嗎(ma)?不造(zao)謠、不信謠、不傳謠,共建(jian)和諧清朗shi)耐wang)絡空間,相信在政府的有xing)蜃櫓 攏 嗣min)群眾(zhong)萬眾(zhong)一心定能有xing)?kang)擊疫情(qing),還2020年一個春暖花(hua)開的一年開端(duan)。

 

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